据研究，有机肥不只是提供氮磷钾养分，更重要的是滋长各种菌类乃至于小动物，使得土壤透气性提高，提供最好的生长环境。把握这个原则作物就能长得健康，抵抗力强，农民根本不用花老本去购买形形色色的“有机资材”。
农业生物多样性不只强调多样的益菌、益虫，同时也讲求植物种类的多样性，以及同一种作物不同品种的多样性。寻找合适的品种种子是有机农业的第一步。
现行作物品种与70年前相比大有不同。早期农民都自行留种，各乡镇的品系可能不一样。例如台湾早期稻的品系就有一千种以上。随着时代的演进，不论是公家研究机构或者私人种苗公司，都雇用专家根据遗传学学理进行育种，然后将新品种繁殖卖给农民播种。这些品种在施用大量化学肥料的条件下选拔出来；当农民有钱买肥料时，改良品种充分发挥其优点，产量大增，农民喜欢新品种之后就不再留种。绿色革命的奇迹就是化学肥料配合高产品种的成果。不过其后遗症却是土壤的逐渐劣化，以及品种数目的锐减。
部分进行有机生产的农民认为，近代育种都是改良场与种苗公司在远方、化学肥料的环境下育成的，可能无法普遍适合于各有机农场，因此强调找回传统的地方性品种。可是农民手上已无地方性品种种子，种苗公司也不太会去贩卖这些未经“改良”的种子。因此，国外一些机构提倡恢复自行留种的习惯，来选育出适合自己农场小环境的品系。
有机作业的农民选择哪些品种，实际上牵涉到法规、成本、理念与技术等方面。就法规来讲，欧美国家对种苗规定得比较严格，品种常需要经过验证登录，否则其种子不准贩售。而验证有一定的标准，具特色的地方品种通常难以通过，导致无法买到。这样的规定原意是要防止农民购买到不良品种，可是却有违反生物多样性原则之虞，已不合时宜。因此欧盟就修法免除地方品种的登录。只要市场需求量足够，种苗公司就可能有意愿提供。不过理念型的有机农民或许独钟地方品种，专业有机农民常以产品为主要收入，成本是重要的考虑，除非向种苗公司购买地方品种或者自行采种的成本差不多，否者还是会选购一般商业品种。
目前的情况是，地方品种的需求不够强，市场太小而引不起种苗公司的兴趣，这两方面互为因果，难以克服。自行留种又面临两个问题，其一是技术上的门槛，留种的技术有难有易，许多蔬果属于异交作物，农民自行留种很容易产生品种劣化。即使自交作物如豆类也常因不慎而发生品种混杂。再者是品种不易寻获，高产品种的风行导致地方品种不见。实际上公家育种机构或者种苗公司都拥有不少老品种，准备作为育种材料。这些老品种可能具有特色如香气风味等，很合适小众市场。政府有义务将这些取自于民间的材料再度释放给民间用，配合留种采种技术的教导，让从事有机农业生产的农民年复一年地筛选种子，作为种源保育的另一股力量。
政府更积极做法是责成农研机构学习有机农业先进国家的“参与式育种”，结合专家的专业与有机农民的需求，让农民成为育种工作的主角，以期加速育成较多适合各地有机农场环境的品种。